Seine altbekannten Tricks beherrscht der Hauptdarsteller natürlich immer noch.
Trotzdem zahlt es sich in Double Agent aus, wenn Sie einen Auftrag meistern, ohne entdeckt zu werden. Sie erwarten nämlich diverse Bonus-aufträge, in denen es Ihre Aufgabe ist, einen bestimmten Punkt im Spielareal zu erreichen, ohne erwischt zu werden. Meistern Sie diese oder diverse andere Extra-Missionen, winken Ihnen schicke Upgrades für Ihre Ausrüstung. Haben Sie anfangs beispielsweise nur einen altmodischen Dietrich im Gepäck, um Schlösser zu knacken, winkt Ihnen bei Erfüllung eines Bonusauftrags auch ein elektronischer Dietrich, mit dem Sie verschlossene Türen viel schneller entriegeln können. Außerdem können Sie sich im Laufe des Abenteuers eine neue Version Ihrer Hacker-Software verdienen, die Ihnen das schnellere Entschlüsseln von Zahlencodes für Sicherheitsmechanismen ermöglicht. Dieses neue Belohnungssystem ermuntert Sie dazu, möglichst unauffällig zu agieren und sich nicht nur auf die Primärziele in einem Level zu konzentrieren.
Ein völlig anderes Spielprinzip erwartet Sie, wenn Sie Sam Fisher im Hauptquartier der Terroristen umherbewegen dürfen. Der erste Unterschied, der Ihnen sofort auffallen wird: Sam rennt nicht durch den Unterschlupf, denn damit würde er sich verdächtig machen, sondern bewegt sich ausschließlich im Schritttempo. Jeder Aufenthalt in der Bude der Terrorbande läuft so ab, dass Ihnen ein Mitglied eine Aufgabe stellt, die sie innerhalb eines Zeitlimits erledigen müssen.
Befinden Sie sich nach Ablauf der Zeit nicht am Startpunkt der Mission, gilt diese als gescheitert. Haben Sie die Herausforderung gemeistert und es ist noch Zeit übrig, ist das Ihre Möglichkeit, weitere Aufgaben der JBA oder NSA zu erfüllen. Die Terroristen möchten in erster Linie von Ihnen, dass Sie verschiedene Handlanger-Arbeiten wie das Zusammenbauen von Minen oder das Entsorgen einer Leiche erledigen.
Ihr eigentlicher Arbeitgeber, der Geheimdienst, erwartet stattdessen, dass Sie auch sogenannte Profilziele erfüllen. Dabei handelt es sich um Informationen, die Sie über die Drahtzieher hinter der John Brown's Army sammeln müssen. Aber aufgepasst: Lassen Sie sich dabei nicht von den Terroristen erwischen! Erschwert wird Ihnen die Beschaffung dieser Informationen zusätzlich dadurch, dass Ihnen nicht zu jedem Bereich im JBA-Lager Zutritt gewährt wird. Etliche Gebiete sind durch Sicherheitsmechanismen wie Netzhaut-Scanner geschützt. Durch List und Tücke, beispielsweise indem er Computer hackt und sich Passwörter aneignet, kann Sam aber in diese sogenannten Sperrgebiete eindringen und dort die vertraulichen Informationen an sich nehmen. Werden Sie bei solchen Aktionen allerdings ertappt, sinkt das Vertrauen, das die JBA in Sie gesetzt hat. Im schlimmsten Fall wird die Mission sogar sofort beendet.
Ihnen stehen in Splinter Cell: Double Agent somit einige schwere Entscheidungen bevor, ob Sie nun lieber den Terroristen oder dem Geheimdienst helfen. Einige der Entscheidungen, die Sie treffen müssen, sind sogar so folgenreich, dass Sie Einfluss auf den weiteren Verlauf der Handlung nehmen. Zweimal verlangt man beispielsweise von Sam Fisher, dass er eine Person ermordet.
